Tandis que Jonathan Hawk, le successeur de Desmond Miles, démasque le traître qui s'est infiltré dans sa cellule, son rétro-sujet El Cakr livre une lutte acharnée aux Templiers pour la possession du Sceptre d'Aset. Dans une Égypte troublée par l'assassinat du sultan An Nâsir Muhammed, le bâton de la déesse représente un enjeu primordial puisqu'il procure d'importants pouvoirs à celui qui le détient... et les autres !