Un matin, Stiveune, 13 ans, engloutit avec ses céréales le sous-marin miniature offert dans son paquet de « Chocomiams ». Lorsque l'engin atterrit dans son estomac, Pistou et Chimou, deux petites bactéries, y voient l'occasion de partir vite fait à l'aventure ! Commence alors un joyeux road-movie au coeur du corps humain, tout en rebondissements palpitants...