Quelles sont donc les intentions de l'homme mystérieux qui attaque Yoshimori grâce aux pouvoirs d'un yôkai ? Au même moment, Tokine apprend de Mikeno la mission cruciale qui lui a été confiée. Du côté des ennemis de nos héros, Kakeru qui n'a en tête que de venger Michiru découvre le secret des frères Ômi. Leur vie cache un passé horrible qui semble lié au complot frappant la Guilde, et nos jeunes kekkaishi se retrouvent pris dans les remous de cette confrontation fraternelle !